两者概念不一样。酸根是指酸在水溶液中电离，失去氢离子后存在的阴离子或原子集团，也指酸和盐存在于晶体结构或水溶液中的阴离子。而酸是共价化合物，以共价键形式还是以离子键形式，取决于两个原子的电负性差值。

电离时生成的阳离子全部是氢离子（H+）的化合物叫做酸，或者溶于水并能释放质子形成H3O（+水合氢离子）的物质也是酸。H3O+的浓度越高，溶液酸性越强。即使是纯水中也存在H3O+，其浓度为10-7mol/L。这是由于质子从一个水分子跑到另一个水分子所造成的。在传统意义上，H3O+的浓度还取决于氢离子的浓度，虽然水溶液中的大部分氢离子是以H3O+形式存在的。酸根一般以其母体化合物命名，如SO4硫酸根，HS氢硫酸根，CO3碳酸根，SCN 硫氰酸根，SiF6氟硅酸根，Cr2O7重铬酸根，MnO4高锰酸根等。