肇庆市下辖3个市辖区（端州区、鼎湖区、高要区）、4个县（广宁县、怀集县、封开县、德庆县），代管1个县级市（四会市）。设91个镇、16个街道、1个民族乡、1255个行政村和296个社区。另设肇庆国家高新技术产业开发区（市政府派出机构，驻大旺区，享有地市一级的经济管理权和行政审批权）。

肇庆市地势西北高，东部和南部较低，由西北向东南倾斜。以中低山丘陵为主，平原较少，形成山地、盆地、丘陵、冲积平原等形态相间分布的山区地貌，山地和丘陵主要分布在北部的怀集、东北部的广宁和西部的封开与德庆等县。河谷平原分布在东南部的四会、高要、鼎湖、端州等市（区）。全市土地总面积1.49万平方公里，中低山丘陵约占全市土地面积的81%，平原和河川水域占总面积的19%。