睾丸炎通常由细菌和病毒引起。睾丸本身很少发生细菌性感染，这是由于睾丸有丰富的血液和淋巴液供应，对细菌感染的抵抗力较强。细菌性睾丸炎大多数是由邻近的附睾发炎所引起，所以又称为附睾-睾丸炎。常见的致病菌是葡萄球菌、链球菌、大肠埃希菌等。病毒可以直接侵犯睾丸，最多见是流行性腮腺炎病毒，这种病原体本身主要侵犯儿童的腮腺。但是，这种病毒也好侵犯睾丸，所以常常在流行性腮腺炎发病后不久，容易出现病毒性睾丸炎。此外自身免疫性睾丸炎（experimental autoimmune orchitis，EAO)是生殖免疫学疾病中的一种以睾丸慢性炎症为主要病理改变的疾病。