原因及处理办法如下：

1、药材没有合理的清洗处理，没有将药材的粉尘去除便投入卤水中卤制，药材粉尘多是影响卤水发黑的重要因素。

方法：在药材投入卤制前进行适当的清洗和去黑处理，否则药材当中的黑元素会沉淀在卤水中去，使得卤水越卤越黑。

2、酱油用量不恰当，没有一个合理的配方。

方法：很多没有经验的猪脚师傅为了使得卤水不容易发黑，干脆不往卤水中添加酱油，如果卤法不当，就算使用糖色或者色素，时间长了，卤水一样发黑。

3、火候没有控制好，没有良好的保护卤水中的糖分和胶原蛋白，糖和胶原蛋白不耐火，所以火候没有控制好卤水中的糖和胶原蛋白就很容易变黑，最终导致卤水发黑。

方法：需要3到5次的卤制，不断总结火候经验。

4、卤水的保管不好，没有及时清理卤水，导致卤水中的黑物质越累越多。

方法：卤水需要定期的清理，需要定期的处理掉卤水中的黑碎肉沫。