晋江多年平均流量163立方米每秒，径流深1031毫米。

晋江发源于福建省中部戴云山，流域面积5629平方千米，河长182千米，沿程流经永春、安溪、南安、晋江、鲤城、丰泽等县市。

晋江上游有东溪和西溪两大支流，东溪发源于永春县呈祥乡云路村，流域面积1917平方千米，河长120千米。西溪发源于安溪县感德乡挑舟村，流域面积3101平方千米，河长14千米。两支流于南安市丰州镇井兜村双溪口汇合始称晋江，并于晋江市淄滨纳入九十九溪至丰泽区浔浦入海。