1、微生物在自然界物质循环中起巨大作用，微生物可分解有机物。

2、在农业生产中，微生物是土壤肥力的重要因素，可分解有机残体，促进难溶性矿物转化，固定空气中氮素，增加土壤有效养分，促进土壤团粒结构的形成。 还可利用其进行沼气发酵。产生多种抗生素，能防治作物病害和杂草。

3、工业生产中有的是直接利用其菌体，有的是利用其代谢产物或代谢活动。

4、环境保护方面，利用其处理污水，污物，毒物，消除污染，保护环境。

5、微生物与人类及畜禽的健康关系密切，如有些生活在动物肠道内，可合成维生素，氨基酸等，为宿主提供营养。其产生的抗生素可治疗人类及畜禽的传染性病害。