1、一般情况下水垢的主要成分是钙镁离子与酸根离子（大多数是碳酸根CO32-），它形成的难溶盐，加入食醋就是加入了乙酸（CH3COOH），也就是加入了水合氢离子（H3O+），水合氢离子有极强的氧化性，可以将难溶盐中的金属部分转化为阳离子，然后自身和碳酸根离子结合形成碳酸氢根离子和碳酸。

2、碳酸是弱酸，而且用食醋除水垢时候要加热，所以碳酸变成水和二氧化碳放掉了。即2CH3COOH+CaCO3=（CH3COO）2Ca+H2O+CO2↑，其中（CH3COO）2Ca溶于水，CO2是气体逃逸出去，水垢就能够去除了。