上海九段沙湿地位于长江口外南北槽之间的拦门沙河段，东西长46．3公里、南北宽25．9公里，由上沙、中沙、下沙、江亚南沙及附近浅水水域组成，东濒东海，西接长江，西南、西北分别与浦东、横沙岛隔水相望，总面积约420．2平方公里。

九段沙是目前长江口最靠外海的一个河口沙洲，也是长江口最年轻的河口沙洲。它是现代长江河口拦门沙系的组成部分，是在长江径流和潮流两个完全不同水体频繁的相互作用下，由长江流域来沙在该地区淤积而成。九段沙形成时间不长，仅有50年左右的历史。