12世纪末至13世纪是元朝。元朝（1271年—1368年），由蒙古族建立，是中国历史上首次由少数民族建立的大一统王朝。定都大都（今北京），传五世十一帝，历时九十八年。1206年，成吉思汗铁木真统一漠北建立蒙古帝国后开始对外扩张，先后攻灭西辽、西夏、花剌子模、东夏、金等国。蒙哥汗去世后，引发了阿里不哥与忽必烈的汗位之争，促使大蒙古国分裂。1260年忽必烈即汗位，建元“中统”。1271年，忽必烈取《易经》“大哉乾元”之意改国号为“大元”，次年迁都燕京，称大都。

1279年(至元十六年)，元军在崖山海战消灭南宋，结束了长期的战乱局面。之后元朝持续对外扩张，但在出海征伐日本和东南亚诸国时屡遭失利，如元日战争、元越战争、元缅战争、元爪战争等。政治始终未上正轨。后期政治腐败，权臣干政，民族矛盾与阶级矛盾日益加剧，导致元末农民起义。1368年，朱元璋称帝建立明朝，随后北伐驱逐元廷攻占北京。