花椒用作中药，有温中行气、逐寒、止痛、杀虫等功效，治胃腹冷痛、呕吐、泄泻、血吸虫、蛔虫等症，又作表皮麻醉剂；治中寒腹痛，寒湿吐泻，本品辛散温燥，长于温中燥湿、散寒止痛、止呕止泻；治外寒内侵，胃寒腹痛、呕吐，可与生姜、白豆蔻等同用；治脾胃虚寒，脘腹冷痛、呕吐、不思饮食，常与干姜、人参等同用；治寒湿困中，腹痛吐泻，多与苍术、砂仁，草豆蔻等同用，用于虫积腹痛，有驱蛔杀虫之功；治虫积腹痛，手足厥逆，烦闷吐蛔，可与乌梅、干姜、黄柏等同用，如乌梅丸，虫积腹痛较轻者，可与乌梅、榧子、使君子等同用。