毛泽东虽认可“新四军”这个番号，但对叶挺改编南方红军游击队却不完全放心。因叶挺已不是共产党员，所以没有推选叶挺为军长人选，而中共推荐的其他人选，国民党反对。国民党随之提出由陈诚或张发奎指挥“新四军”，中共不同意。国共两党在南方红军游击队改编后由谁指挥这支抗日武装相持不下。9月28日，蒋介石突然单方面委任叶挺为新四军军长。在蒋介石看来，叶挺在国外过了10年流亡生活，已脱离共产党且失去了共产党信任，想乘机把叶挺拉过去，通过叶挺把红军游击队抓在自己手里。