南华寺现有建筑面积一万二千平方米，以中轴线布局，前后七进，殿宇辉煌，绿树婆娑。一进山门，穿过小巧别致的“五香亭”和放生池，可望见二门门楣上“宝林道场”四个大字匾额。门的两旁有“东粤第一宝刹，禅宗不二法门”的对联。二门内建有壮观的天王殿，殿内供奉弥勒佛，两侧为四大天王塑像。天王殿背后为一处布置精巧的小花园。园内东西两边有钟楼、鼓楼。北面丹墀大雄宝殿，又名三宝殿，建於元大德十年，大殿正中供奉释迦牟尼、药师、阿弥陀佛，各高八米。大难宝殿后有藏经阁、灵照塔、祖师殿，藏经阁中佛经多为历代皇帝所赐。