该校最好的专业是临床医学和核工程与核技术专业。南华大学在核技术，核地质，核安全和医学方面实力雄厚，核技术全国颇负盛名。下面对临床医学及核工程与核技术专业进行详细介绍：

1、临床医学：旨在培养从事各种临床医疗工作的高级医务人才。主干课程有人体解剖学，组织学与胚胎学，生物化学，医学微生物学，医学免疫学等。学制为五年，毕业后授予医学学士学位；

2、核工程与核技术专业：主干学科有核科学与技术，物理学，动力工程及工程热物理。核心知识领域与专业核心课程有原子核物理，辐射探测及核信息处理，核反应堆物理，核电厂系统与运行，核电子学，辐射防护与核安全，反应堆热工学，核技术及应用，加速器原理及应用，放射化学。毕业后授予工学学士学位。