《怪医黑杰克》的结局中，黑杰克查出当年爆炸案的真相，并通过莲花的血液研制出治疗新型病毒的血清，不仅拯救了所有人，还将血清命名为本间血清，以此纪念本间医生，他带着皮诺可回到家乡，在海边重新建造了一所房子，与众人一起快乐的生活着。

黑杰克之所以被称为怪医，是因为他医术高超却没有行医执照，而且脾气古怪，总是向患者索要巨额医疗费，虽然曾因此引起诸多争议，但黑杰克心中有一套自己的行医标准，他一直我行我素，救人于危难之中。

在黑杰克小时候，父亲便抛弃了他和母亲，但他们却因父亲牵扯进黑暗组织的阴谋中，母子俩踩中炸弹，母亲不治身亡，在本间医生的救治下，黑杰克才得以保住性命，但他脸上、身上却留下许多伤疤，从那之后，黑杰克便立志成为一名医生。

其实，当初父亲抛弃他们母子是有苦衷的，就是为了不让黑杰克及其母亲再受到伤害，母亲临终前，让黑杰克原谅父亲，因为她理解自己的丈夫，可黑杰克却无法原谅父亲，还在其第二任妻子莲花烧伤后将她整容成母亲的模样，以此报复父亲。

黑杰克的父亲死后，他还是原谅了父亲，但莲花以及全满德却成为黑杰克最大的对手，全满德一心研发长生不死药，不惜拿无辜的人做实验，但他最后也自食恶果，和其他人一起感染了新型病毒，危在旦夕。

为了保护黑杰克，全满德和莲花对峙，父女俩向对方各开一枪，全满德不治身亡，莲花还有一息尚存，即便她曾处处针对黑杰克，但黑杰克还是为她进行了手术，在手术过程中，他发现了莲花血的功效，研制出治疗病毒的血清。