二类经适房转商品房的办理流程是：

1、二类经适房在取得房屋产权的前五年内，是没有完全的房屋产权的，不能直接上市交易。加上政府优先回购等其它政策，经适房在业主获得房产的前五年，是不能所以售出的。

2、二类经适房要上市交易，规定是购买经济适用住房满5年，购房人上市转让经济适用住房的，应按照届时同地段普通商品住房与经济适用住房差价的一定比例向政府交纳土地收益等相关价款，具体交纳比例由市、县人民政府确定，政府可优先回购，购房人也可以按照政府所定的标准向政府交纳土地收益等相关价款后，取得完全产权。

3、据此规定，取得完全产权之后的经济适用房，就可以进入二手房流通市场，进行买卖交易了。

4、但是，取得完全产权后的经适房，虽然可以上市交易，其性质仍然属于经济适用房，房屋性质并没有变为商品住宅，这一点，从《不动产权属登记证》中，不动产权性质一栏中可以确认。