四川交通职业技术学院现设有道路与航运工程系、汽车工程系、桥梁工程系、经济管理系、计算机工程系、人文社会科学系、建筑工程系、自动化工程系、公共课教学部和成人继续教育部。开设各类专业共44个。

专业：道路桥梁工程技术、汽车运用技术专业被教育部确定为中国高职高专教学改革试点专业；汽车运用技术专业被教育部确定为中国高职高专精品建设专业；物流管理专业和计算机网络技术专业被四川省教育厅确定为高职高专教学改革试点专业；软件技术专业是与印度和北大青鸟联合办学、省教育厅试点专业；软件技术专业、动漫设计与制作专业、网络系统管理专业、图形图像制作专业、计算机多媒体技术专业和计算机信息管理专业为省教育厅试点专业。