1、本息保障内容不同。首先大额存单是属于一般性存款，收存款保险基金保障，是一种保本保息的产品，结构性存款是基于存款的理财产品，保本但不保息，或者只是部分保息。

2、利息结构不同。大额存单利率事前约定，一旦存入不会变化。结构性存款利率分两部分，一部分为固定利率，一般在2%-3%左右，另一部分为投资金融衍生品的收益，这部分根据理财情况确定。

3、本金灵活性不同。大额存单有存期，是可以提前支出，提前支取一般靠档计息，结构性存款一般有封闭期，封闭期内本金是不能取出来的。

4、起存门槛不同。大额存单一般都要20万以上的起存门槛，结构性存款起存门槛比较低，按理财产品的不同来设定。