酸菜在腌制的过程中不可避免的会产生亚硝酸盐，而如果一公斤酸菜中亚硝酸盐含量超过一百五十毫克，就会引起中毒，此外，酸菜在腌制过程中，产生致癌的亚硝酸化合物，易诱发癌症，特别是霉变的酸菜，其致癌作用更为明显；

大量吃酸菜易形成结石，腌制的酸菜中，含有大量草酸和钙，由于酸度高，食用后不易在肠道内形成草酸钙被排出体外，而被大量吸收，在肾脏排泄时会产生不易溶解和吸收的草酸钙，从而形成结石，另外，腌制酸菜过程中，维生素C被大量破坏，人体如果缺乏维生素C，使抑制肾内草酸钙结晶体沉积和减少结石形成的能力