蚊子的卵依种类的不同可能产在水面、水边或水中三种不同的位置，水面上的如疟蚊和家蚊，水边的如斑蚊。疟蚊和家蚊约在二天内孵化，而斑蚊则在三至五天会孵化。

蚊科昆虫的幼虫又称为孑孓，通常生活在池沼、水沟或积水的器皿等处。孑孓常用尾端贴著水面，作倒垂式的漂浮。这是孑孓在呼吸。它利用腹部近尾端的呼吸管，直接呼吸水面上的空气。

孑孓利用口的刷毛会产生水流，流向嘴巴，以摄食有机物及微生物，但有少数种类以其他孑孓为食物。孑孓经过四次蜕皮后会发育成蛹。蛹几乎和孑孓一样活跃，不摄食，但可在水中游动。形状从侧面看起来成逗点状。靠连接胸部气孔的一对呼吸角呼吸。经两天完全成熟。

有一些种类的蚊子幼虫（例如瓶草蚊属），住在凤梨科植物中的积水里。有些甚至居住在猪笼草等捕虫植物之中。Deinocerites属的蚊子则居住在海边的小洞中。大部分不居住在热带的品种，都以卵的形态度过冬天。但也有少部分的种类以成虫或孑孓的型态来越冬，例如家蚊属的一些种类，即以雌成虫的型态来越冬。实验室发现，蚊子在0度以上能存活的时间非常长，大概能存活到三到五个月。