水分填满了土壤间隙，土中空气被水代替，这时外部空气也不能进入，因而造成土壤缺氧，根的呼吸作用受到阻碍，生理功能降低，根系吸水、吸肥能力受阻。同时由于土壤缺乏氧气，土中具有分解有机物功能的好气性细菌大量繁殖和活动，增加了土壤酸度。由于丁酸菌等大肆活动，产生了硫化氢、氨等一系列有毒物质，直接毒害根系。由于缺氧植株大量地消耗了体内可溶性糖而过多地积累了酒精等物，导光合作用大大降低，最后因饥饿而死。
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