细菌革兰染色的机理是细菌经过碱性燃料结晶紫染色，后经过碘液进行媒染，然后用酒精脱色，不被脱色的被称为革兰氏阳性菌，脱去的则被称之为革兰氏阴性菌。脱色后可以在用红色染料进行复染，阳性菌是紫色，阴性菌则被重新染上了红色。很多有芽孢的杆菌和大部分的球菌，还有放射菌以及真菌杜辉呈现革兰氏正反应，而弧菌、螺旋体以及大多数的致病性无芽孢杆菌则呈现出副反应。
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