该影片讲述的是巴克利勋爵控制了琼斯以后想要获得更大利益，最终被威廉、伊丽莎白和杰克船长等人击败的故事。

巴克利从诺灵顿将军处得到了琼斯的心脏，控制了“飞翔荷兰人”号，收买了新加坡海盗王啸风，让寻求啸风帮助的威廉和伊丽莎白陷入险境，在英军进攻啸风基地的紧急关头，威廉和啸风做了一笔秘密交易。在巴博萨船长神经质的带领下，众人进入了海神魔域，遇到了被海神帮助的杰克，杰克智乎若妖的脑袋猜处了航海图的玄机，带领众人走出海神魔域。

巴克利得知海盗大会消息，想利用威廉想要救出父亲这一点，拿到了杰克的罗盘，抵达沉船海湾。面临危机，继承啸风宝物的伊丽莎白力排众议，拒绝解除女海神的封印，在海盗大会上竞选成为海盗大帝，通过交换人质救回了威廉，将杰克丢到“飞翔荷兰人”号上取亡灵箱，以及钥匙。在伊丽莎白的鼓舞下，双方开战，混战中杰克拿着威廉的手刺穿了琼斯的心脏，让威廉成为了“飞翔荷兰人”号新的船长，“黑珍珠”号和“飞翔荷兰人”号一起进攻巴克利的“奋进”号，击杀了巴克利勋爵，英军撤退。

令我们感动的，是伊丽莎白从不妥协的抗争精神，无论身边有谁，无论多困难，都能够竖起战旗，拿起手中的剑，向着敌人的阴谋诡计和船坚炮利发起进攻。印象最深刻的，是法典看护者对杰克说的那句话：孩子，永生不重要，重要的是你得活出个人样儿。