(一)无产权证房屋不太容易办理物权变动手续，存在交易风险。无产权证房屋权利人难以如愿行使买卖、抵押、出租、入股等权利，难以物尽其用，导致买受人的合法权利不一定能够得到有效的保障。

(二)房屋拆迁时，无产权证房屋权利人无法获得如同有产权证房屋价值相当的补偿。

(三)如果无产权证房屋被认定为违章建筑还将面临行政处罚和强行拆除。当然，无产权证房屋在现行法律框架内应当得到相应保护。即使无证房屋属于违章建筑，除法定机关外，任何人不得侵占、毁损或拆除，否则无产权证房屋权利人可以请求返还财产、排除妨碍和赔偿损失。

(四)无产权证房屋权利人行使房屋权利与邻人发生纠纷时，应当适用相邻关系的规定，接受限制和扩张权利。

（五）当无产权证房屋买卖双方出现纠纷，需要通过法律途径解决时，很可能因房屋产权问题而影响买卖合同的效力，从而导致纠纷处理陷入困境，难以维权。