哈密瓜在哈密至少已有2000多年的栽培历史。自东汉在哈密设立西域首座屯城，哈密作为“瓜果之乡”代不绝书。到元朝，威尼斯人马克波罗游历新疆时，“吐鲁番的葡萄，哈密的瓜，伊犁的马儿，还有库车的姑娘美如花”，这句至今被人津津乐道。哈密之名，正始于元朝。哈密瓜之名，则始于清代。

1697年，哈密维吾尔族头领额贝都拉协助清军平息蒙古准噶尔部叛乱，被敕封为“一等札萨克达尔汗”，这是第一代哈密回王。1698年冬额贝都拉奉诏进京陛见。在1699年元旦朝宴上，康熙皇帝品尝哈密产甜瓜，龙颜大悦，赐名哈密瓜。