1、选择轮作地块、避免连续重茬种植、清理田间病残体、土壤杀菌、选择抗病品种、种子进行包衣杀菌处理是防治胡萝卜黑腐病的有效方式。胡萝卜生育期叶片发生黑腐病不仅造成产量损失，而且可为贮藏期肉质根发病积累足量的病原，同时也为侵染胡萝卜根冠部提供通道，因此叶片发病初期进行化学防治是控制病害的重要手段。

2、贮藏前，清洗并剔除带伤胡萝卜，使胡萝卜损害程度降到最低，可降低贮藏期胡萝卜黑腐病发生几率。贮藏时保持适当的温度0℃左右)和湿度小于92%)可阻止胡萝卜受侵染和降低病害蔓延几率，收获后贮藏的卫生条件对控制病害至关重要。

3、防治胡萝卜黑腐病，可在病害发生前期或初期每亩使用保护性杀菌剂40%百菌清悬浮剂200毫升，7~10天喷雾1次，连续使用3~4次，可达到低投入高产出的防治效果。