1、医学方面：DNA指纹技术具有许多传统法医检查方法不具备的优点。它在人类医学中被用于个体鉴别、确定亲缘关系、医学诊断及寻找与疾病连锁的遗传标记;在动物进化学中可用于探明动物种群的起源及进化过程;在物种分类中，可用于区分不同物种，也有区分同一物种不同品系的潜力。在作物的基因定位及育种上也有非常广泛的应用。

2、生物学方面：DNA指纹技术能够从DNA分子水平给每个玉米品种一个"身份证号码"，以其准确可靠、简单快速、易于自动化的优点越来越多的应用于品种管理。