原因是木叶为了阻止宇智波一族叛乱，而让鼬灭宇智波一族。

鼬是双重间谍，既是宇智波一族在木叶内部安插的间谍，又是木叶上层在宇智波一族内安插的间谍。鼬的父亲为了宇智波一族能够统邻木叶而准备发动叛乱，木叶上层通过鼬知道了这个事情，于是开始商讨处理办法。最终，鼬接受了木叶上层下答的灭族的任务。

鼬出生在战乱的时代，深知战争给人民带来的灾难，鼬向往和平，也是一个识大体的人，鼬为了木叶的安定、人民的安宁，而选择舍小家而顾大家，因为如果不阻止宇智波的叛乱，会让整个木叶陷入混乱，如果这时再有他国乘虚而入，木叶很可能就此灭亡。