玉皇大帝是统领天、地、人三界的神灵，管理着宇宙万物，这就包括如来佛。他不是道教修行最高的，但是神权最大。

这就可以看出，在三界中，如来佛只是玉帝的臣子，是一方诸侯。这就明白了为什么在西游记中如来佛会奉旨捉拿孙悟空了。

从派系上来说，玉皇大帝属于道教，在九重天凌霄宝殿办公。而如来佛修的是佛教，在西牛贺洲雷音寺办公。

再说白一点，就是世上三教合一，真正的三教大仙财力雄厚，是股东，共同委托的财力并不是太强，但是管理能力超强的玉皇大帝任总经理来经营管理宇宙万物而已。