第一种说法：在17世纪的时候，古格里面已经有了西方来的传教士，当时的古格王和古格的宗教领袖，为了巩固自己的势力，古格国王开始借助西方传教士的力量削弱佛教的影响。1633年，僧侣们发动叛乱，古格王的弟弟勾结了与古格同宗的拉达克王室利用拉达克的军队攻打古格都城，推翻了古格王朝。第二种说法：为了挽救百姓古格投降了，古格王朝灭亡。杨公素在《中国反对外国侵略干涉西藏地方斗争史》及伍昆明《早期传教士进藏活动史》的记载是，古格的最后一个国王及全家被拉达克人拉回拉达克都城列城关进了监狱。