农村宅基地纠纷调解程序的进行是：

1、向县级以上人民政府土地管理部门或者乡级人民政府提出书面申请;

2、双方当事人出示举证的材料和依据;

3、工作人员现场调查材料和取证;

4、组织双方当事人进行调解，制作书面调解书;

5、调解未达成协议的，或者调节书送达前一方或者双方反悔的，土地管理部门及时提出处理意见，报人民政府错处处理决定。

【法律依据】

根据《土地管理法》第62条，农村村民一户只能拥有一处宅基地，宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。