面宋潜说友《咸淳临安志》对三潭的位置只笼统地说《土人相传云在湖中》。明田汝成《西湖游鉴志》也仅有《相传湖中有三潭，深不可测》的记载。因此，有人怀疑《三潭》并非湖中之潭，而只是小瀛注入岛上三口放生池，因为，此岛的前身乃是后晋天福年间（吴越）所建的水心保宁寺，当时人们多来岛上放生。另有一说谓《三谭》即三塔。民说传说西湖有三处水极深，为水妖所居，故建塔以镇之。

现代又有人从光学角度考察分析，说三潭印月三个石塔的位置系古人依据光线反射原理而设计安排。游人站睚小瀛洲我心相印亭外的湖岸边，将双眼当成三角架上的测远镜，先看居中一塔，视线透过其中孔，但见一片圆圆的水光，再望左右两塔，也是波光绰影。其原因是三塔的位置和岸上人的立足点连为一线形成两个全等三角形；立足点正好是三线之交，每个塔上的圆孔在月下犹如印在水面一般，构成天上、湖中数月交辉的画面。