哈工大交通工程学院设有道路与轨道工程系、桥梁与隧道工程系、道路材料工程系、交通工程系、交通信息与控制工程系和测量教研中心。拥有交通运输工程和土木工程（桥梁与隧道工程）2个一级学科；拥有交通运输工程一级学科博士后流动站、博士、工学硕士、工程硕士学位授权点、桥梁与隧道工程二级学科博士、硕士学位授权点；拥有道路桥梁与渡河工程、交通工程、交通信息与控制工程等3个本科专业。其中，桥梁与隧道工程学科是国家和建设部重点学科，道路与铁道工程学科是建设部和黑龙江省重点学科，交通运输规划与管理学科是建设部重点学科，道路桥梁与渡河工程本科专业是黑龙江省重点专业。