主要以肺呼吸。

爬行类的肺比两栖类的更发达。爬行类几乎依靠唯一的肺交换气体。某些水栖龟类则以咽头膜补充呼吸。爬行类的肺部比两栖类的有较大的呼吸面积，如同高等脊椎动物吸气入肺，而不是象两栖类依靠口腔肌肉吞气人肺。爬行类已经完全放弃了大多数两栖类十分重要的皮肤呼吸。爬行类同其它温血动物一样，采用胸腹式呼吸，即胸腔有节奏地扩张和缩小，完成气体的吸入和呼出。爬行类依靠外肋间肌肉收缩,提起肋骨，扩展胸腔,吸入空气进入肺部；当内肋间肌肉收缩时，可牵引肋骨后降，胸腔缩小,肺部呼出气体。