甲醛是一种常用杀菌剂，极易溶于水，35%～40%的甲醛水溶液称为福尔马林。甲醛常用于接种室、接种箱、菇房、培养料或覆土的消毒。使用方法通常有熏蒸、注射两种形式。

（1）密闭熏蒸接种室、接种箱、菌种培养室或栽培室，均可用甲醛熏蒸消毒。空间较小的接种箱或气密性好的接种室，每立方米空间用40%甲醛8～10毫升，另加高锰酸钾5～8克，混合密闭熏蒸45～60分钟即可。空间较大的菇房则需加大用量，每立方米空间用40%甲醛17毫升，加水17毫升，再加14克高锰酸钾，混合后密闭熏蒸60分钟以上。为了消除甲醛的刺激性气味，可在熏蒸后，每立方米空间喷洒25%～28%氨水溶液38毫升。若不用氨水处理，熏蒸消毒至少提前12小时进行，以免工作人员难以忍受而无法正常操作。（2）喷雾拌料培养料或覆土用1%甲醛溶液喷雾处理，可以达到杀菌消毒作用。（3）注射消毒代料栽培中，发菌初期菌袋内出现零星杂菌时，可用10%甲醛溶液注射封闭污染部位，消灭杂菌或抑制杂菌蔓延。