明代的两京制既有历史继承性，也有其建国初期的特殊原因遗留。

从周朝开始，两京和多京一直是国家建都的重要原则，即在京师之外再设陪都。但如明朝“以金陵开基，金台定鼎（指北京）”的现象，历史上并不多见。明代在南京另设中央技工的事实，更为历史仅见。永乐癸未北迁之后，南都成为留都，虽然之后几十年迁都问题一直在争论。但此后南都政府班子的功用已发生变化，大致成为了以下几类官员的聚集地：

1、受政治排挤失意者或求“悠闲”者；

2、官员养家养病请改任者；

3、将南京职官作为一个“相与讲求民谟，料理天下利害”，以备“异日入辅大政”的历练之所；

4、看重南京官位之荣誉者。

虽然迁都给南京带来短暂凋敝，但很快南都重新就复苏为全国繁华的都市文化中心，南京留都地位也一直保留下去。