二手小产权房办理流程是：

1、签署合同。买卖双方首先需要在沟通和了解的基础上，按照约定成交价格、交房日期、过户时间等等来签署房屋买卖合同，在合同上签署双方的姓名、联系电话等信息，并且要加盖手印或者是盖私章。在这里要特别提醒大家的是，在合同中一定要明确出房屋的详细信息。

2、申请交易。买卖双方去房产交易中心进行交易，在部门的咨询台领取网签号。

3、网签。在服务窗口领取并填写一个方法买卖的信息表。要按照合同的内容填写，尤其是要注意合同中成交价款一项，因为过户契税缴纳的依据就是成交价。

4、缴纳相关费用。去财政部门的受理大厅，缴纳契税、印花等相关过户费用，并取得税费完税证明，为下一步登记发证做准备。

5、交土地出让金。交土地出让金，土地出让金的缴纳地方，各地方可能有所不同，但是大多数是直接去国土局缴纳。

6、登记过户。取得不动产权证书。