但好景不长，元好问只做了三年的宣传部长，元军便攻克了开封，身为俘虏的元好问，同大批故国旧臣一起押往山东聊城被看管起来。在之后的两年里，他把同僚们的诗词归纳整理成《中州集》，这本书也成了研究金史的重要参考资料。

等到元好问 50岁的时候，他迎来了人生的又一个春天：

元太宗（孛儿只斤氏窝阔台）亲自出面，请元好问入仕为官，但此时的元好问目睹了故国的覆灭，百姓的饥寒困苦，又怎能背国投元，去做一些违心的事情呢，便一口回绝了元太宗，开始潜心研究学术。他此时的心境，在他的《骤雨打新荷》里有着充分的体现——

他提倡做学问要“真积历久”，不断鉆研；在诗文上，他追求清新、自然之风，反对生硬晦涩，刻意装饰！对元初散文家、杂剧家王恽、白朴影响较大。

公元1257年初冬，元好问在河北获鹿（huai,lu，在河北石门市西北，介于正定县与井陘县之间，现改为“鹿泉市”) 县的个人寓所中去世，终年68岁。

元好问生逢乱世，亲眼目睹了国家的覆灭，在自己的后半生里，更是和百姓为伍，因此他能够深刻体会劳动人民的饥苦，进而从社会底层获得取之不尽的创作源泉，洞察推动社会文化发展的原始动力，他的《论诗三十首》才能够在中国文学史上享有永久不朽的地位！